Galaxy Express jatkaa seikkailujen siivittämää matkaansa maailmankaikkeuden halki. Sankarimme Tetsuro ystävineen kiitää junan mukana, etsien uusia mekaanisia kehoja. Kehoja, jotka takaisivat kaikkinaisen hyvinvoinnin. Seikkailu alkaa, kun juna pysähtyy Pluto-nimiselle taivaankappaleelle. Planeetalle, joka on ikuisen jään peittämä. Planeetalle, joka on monen avaruusmatkaajan tien pää.