Tetsuro ja Meter jatkavat huimaa avaruusseikkailuaan Galaxy Express 999-junassa, mikä pysähtyy eri planeetoille ja avaruusasemille matkallaan kohti salaperäistä planeettaa, jolta voi saada mekaanisen kehon ja siten ikuisen elämän.
Juna pysähtyy matkustajien pyynnöstä Muruballe, planeetalle, millä ei ole kiteytynyttä muotoa ollenkaan. Muodottamasta planeetasta ei ole olemassa mitään karttaakaan ja sen asukkaatkin muuttuvat muotoaan koko ajan.
Kaksi planeetan asukkia hyökkäävät Tetsuron ja Meterin kimppuun ja anastavat näiden ulkomuodon ja matkalipun junaan. Mikä on sankariemme kohtalo?