Vaeltavan avaruusheimon vallatessa Maan joutuu kapteeni Harlock samalla vangiksi. Vankeudessaan hän tapaa salaperäisen japanilaisen Toshiron. Osoittautuu että heidän kohtalollaan on hyvin paljon yhteistä. Nuori, kaunis, naispuolinen avaruusmatkaaja Emeraldus laskeutuu maahan ja siitä alkaa heidän yhteinen seikkailunsa...