"MAAHANTUNKEUTUJAT", kenraali Z:n johtamina, iskevät uudestaan maahan ja ovat tukialuksestaan "Terror-tähdestä" käsin melkein tuhonneet koko maapallon.
He ovat surmanneet amiraali Collinsin, joka oli rakentamassa maapallon viimeistä puolustusasetta. Hänen poikansa luutnantti Collins vannoo kostavansa isänsä kuoleman.
Amiraalin viimeinen toivo oli salainen "Super-voimalan" yhdistelmä sukellusveneestä ja hävittäjästä nimeltään "Thundersub". Isällä ei ollut aikaa saada Thundersubia valmiiksi ja hänen poikansa käynnistää tehokkaan operaation saadakseen "salaisen aseen" kuntoon ja koulutetun "Thunder-joukkueen" miehistön.
Tämä on heidän viimeinen toivonsa eloon jäämisestä......
Ehtivätkö he saada Thundersubin toimimaan ennenkuin on liian myöhäistä?