Kuningatar-mehiläinen edustaa eksoottista ja kiukkuista mehiläislajia, joka hyökkää salamannopeasti ja kehoittamatta. Tämä muuttaa New Orleansin mehiläiskeskuksessa sijaitsevaan mehiläiskekoon ja perustaa kauhua herättävän myrkky-mehiläisten yhteisön.

David Martin, mehiläiskeskuksen johtaja, ja Jeannie hänen ystävänsä ja assistenttinsa saavat tehtäväkseen vangita kiukkuiset mehiläiset ja estää niiden tappavat hyökkäykset

Filmin kohokohta on, kun David houkuttelee jättiläismäisen mehiläisparven Jeannien ja koululaisbussin kimpusta. Bussi on täynnä partiolaisia. Davidillä on päällään soujapuku, joka on kokonaan mehiläisesanssin peitossa. Hän riippuu helikopterin alla ja on kauttaaltaan mehiläisparven ympäröimänä. Ja näin hän lentää yhä kauemmas, mutta minne...