Konnakämppä New Yorkin katujen alla. Cowabunga! Turtlesit Leonardo, Donatello, Raphael ja Michelangelo harjoittelevat senseinsä, Mestari Tikun, opastuksella ninja taitoja, kun paikalle tulee TV-reportteri April O'Neill. Hänellä on lahja Tikulle - ikivanha japanilainen valtikka. Herkkää...
Yhtäkkiä valtikka alkaa hehkua - ja Aprilin tilalla seisoo 1600-luvun japanilainen dude, prinssi Kensin. April puolestaan on matkannut ajassa 400 vuotta taaksepäin Kumonon linnaan, Japaniin.
Turtleseilla on vain 60 tuntia aikaa pelastaa April, muuten...
Nyt tarvitaan konnavoimaa!