"Salattu totuus" kertoo kandesta veljeksestä, jotka sotkeentuvat murhajuttuun Irlannin katolilaisalueella. Vanhempi veli Tom (Robert Duvall) on murharyhmän poliisi, jolla ei ole minkäänlaisia harhakuvitelmia ihmisen kunniallisuudesta ja epäitsekkyydestä. Nuorempi veli Des (Robert De Niro) on leipäpappi, kardinaalin erikoismies, jolle mitkään likaiset työt eivät ole vieraita. Desillä on mandollisuudet jopa piispanistuimeen, sillä hänellä on kyky sulkea silmänsä kaikelta siltä, mitä ei pidä huomata...