On vuosi 1999, ja Tokion poliisilla on uusi ase taistelussaan rikollisuutta vastaan. Ne ovat robotteja nimeltä Labors ja ne iskevät rikollisiin, jotka käyttävät teknologiaa laittomuksiin. Salaperäisen miehen itsemurha mahtavalla Babylon-projektin työmaalla panee liikkeelle tapahtumasarjan, joka saattaa merkitä Tokion tuhoa. Miten liittyvät toisiinsa tämä itsemurha, liikkuvan poliisin uusi AV-X0 Zero Labor ja sekaisin mennyt prototyyppitankki? Kun Patlabor poliisit Izumi ja Shinohara tutkivat selittämätöntä roisto-Laborien hävitystyötä ympäri kaupunkia, he pääsevät selville karmivasta juonesta tartuttaa Tokion 8000:een Labor-asukkaaseen tappava virus... Nyt kaupungin kohtalo on vaakalaudalla ja Izumin ja Shinoharan kumppaneineen on pakko tuhota tuon viruksen alkulähde - jättimäinen Babylon-torni Tokionlahdella. Syntyy taistelu, jossa ei tunneta armoa.