Jesse tarkkailee lomallaan valaita tutkimusaluksella. Tutkimustyö vaikeutuu, kun hän ystävystyy 10-vuotiian pojan kanssa, jonka isä pyytää laittomasti valaita. Miekkavalas Willyn elinympäristö on jälleen uhattuna. Jesse päättää uuden ystävänsä kanssa laittaa roistoille luun kurkkuun ja pelasta valaat.

Tämän Willyn ja kumppanien uusin seikkailu on kolmas Willyn ja Jessen välistä ystävyyttä ylistävä koko perheen elokuva.