Miami, Florida 1994. Juuri kun ollaan nostamassa vaurioitunutta ydinsukellusvenettä, tapahtuu uskomattomia: Vuotava radioaktiivisuus saa Atlantiksen nousemaan merestä. Nosturialuksella olevat tutkijat pelastetaan kahden Vietnam-veteraanin ansiosta. Kun he palaavat maihin, selviää kammottava todellisuus: Hirmumyrskyn lailla on Atlantis kostanut heräämisensä. Crystal Skull joukkoineen terrorisoi kansalaisia murhaten, raiskaten ja hävittäen. He etsivät naispuolista tutkijaa, joka selviytyi katastrofista ja joka on onnistunut tulkitsemaan erääseen Atlantiksen kulttikiveen hakatun tekstin. Ja he löytävät hänet. Uskomattomalla rohkeudella molemmat Vietnam-veteraanit tunkeutuvat Atlantiksen luolasysteemiin pelastaakseen tutkijan ja hänen myötään koko ihmiskunnan.