Ninjakilpikonnien Michelangelon, Leonardon, Donatellon ja Rafaelin leppymätön vihollinen Silppuri kuulee apureiltaan, että professori Perryllä on hallussaan mönjän salaisuus. Mönjän, joka aikoinaan muutti neljä pientä kilpikonnaa taisteluhaluisiksi, pizzaa ahmiviksi ninjoiksi.
Kilpikonnien viisas johtaja mestari Tikku tietää myös mönjästä. Pahaa aavistaen hän lähettää kilpurinsa professori Perryn laboratorioon, sillä mönjä ei saisi joutua vääriin käsiin.
Mutta Silppurin apulaiset ovat jo paikalla. Syntyy hurja taistelu. Silppurin apurit sieppaavat proffan ja viimeisen mönjäkanisterin. Kuinka mönjän käy... katso itse!